Programowanie CNC czyli tworzenie programu w danym języku i formacie służącego do sterowania pracą maszyny. Powinno się ono odbywać  w sposób, który umożliwia uzyskanie kodu NC w jak najkrótszym czasie. Program można napisać na dwa sposoby. Pierwszy polega na napisaniu programu na maszynie CNC sprawdza się on w przypadku prostszych kształtów oraz elementów, których obróbka nie wymaga skomplikowanych torów ruchu narzędzia obróbczego. Programowanie na maszynie, potocznie mówiąc „ z palca” bazuje na cyklach oraz ręcznego wpisywania kodu NC .Cykle w tym przypadku są zbliżone do tych z CAM-a.

Drugim sposobem jest pisanie programów przy pomocy oprogramowania CAM. W tym przypadku na podstawie modelu wcześniej wykonanego w CAD dobieramy odpowiednie cykle obróbcze, narzędzia, parametry skrawania, zaznaczamy powierzchnie które mają być obrobione i przepuszczamy program przez odpowiedni postprocesor który generuje nam ścieżki kodu NC. Ta metoda programowania znajduje zastosowanie przy bardziej skomplikowanych kształtach.

W MIKO-MET programujemy na dwa sposoby ale głównie używamy oprogramowania CAD/CAM które przy naszej produkcji znacznie przyspiesza proces programowania.